Facturation électronique : ce que les bureaux d’études risquent d’oublier (et qui peut coûter cher)

À l’approche de la réforme 2026 sur la facturation électronique, la plupart des entreprises ont bien compris qu’elles allaient devoir émettre leurs factures clients au format structuré.
Mais ce que beaucoup de bureaux d’études ignorent encore, c’est que cette réforme ne se limite ni à l’envoi des factures, ni à un simple changement de format.

Elle touche aussi à la réception, la gestion des achats, et à la transmission automatique de données fiscales.
Et c’est souvent là que les oublis commencent… avec des risques réels à la clé.

1. Les BET ont rarement une vision structurée de leurs flux d’achat

Un bureau d’études gère souvent :

• Des prestations de sous-traitance (terrain, relevés, calculs),
• Des missions ponctuelles externalisées,
• Parfois des dépenses refacturables au client (déplacements, matériel spécifique).

Ces factures d’achat, bien que nombreuses, sont :

• Souvent traitées manuellement (reçues par mail, saisies à la main),
• Non rattachées aux projets de manière systématique,
• Peu contrôlées ou consolidées à des fins de pilotage.

Pourtant, la réforme 2026 impose que toutes les factures fournisseurs reçues soient intégrées dans un système conforme, au format électronique structuré (Factur-X, XML, etc.).

2. Ce que la réforme impose vraiment (et qu’on oublie souvent)

La réforme repose sur trois obligations :

1. E-invoicing : émission de factures électroniques clients via une plateforme agréée (PDP ou Chorus Pro),
2. E-reporting : transmission à l’administration des données de facturation,
3. E-réception : capacité à recevoir, intégrer et traiter les factures d’achat au format électronique.

Et c’est souvent ce dernier point – la réception et le traitement des factures entrantes, qui est le moins anticipé par les bureaux d’études.

3. Les risques si on ne traite pas les achats correctement

Ne pas intégrer les factures fournisseurs dans un système conforme, c’est :

• Prendre du retard sur la mise en conformité,
• Risquer des erreurs de saisie ou de TVA,
• Avoir une vision incomplète des coûts projets,
• Et manquer d’automatisation, donc perdre du temps chaque mois.

À terme, cela peut générer :

• Des anomalies fiscales (notamment en cas de contrôle),
• Une marge projet non maîtrisée (achats hors radar),
• Et une charge administrative bien plus élevée que prévue.

4. Que faire concrètement (même si on ne s’équipe pas tout de suite) ?

Même si la mise en conformité totale ne s’impose qu’à partir de 2026, l’enjeu est d’anticiper dès maintenant. Voici les premières étapes recommandées :

Cartographier vos flux d’achat actuels

• Comment sont reçues les factures fournisseurs ?
• Sont-elles associées aux projets ?
• Qui les valide et les comptabilise ?

Identifier les fournisseurs déjà dématérialisés

• Certains envoient déjà des factures PDF structurées (Factur-X),
• Vous pouvez les tester pour anticiper les traitements futurs.

Centraliser les factures entrantes dans un seul outil tel qu'un ERP

• Même sans PDP, vous pouvez commencer à structurer leur traitement,
• En vue d’une intégration facilitée plus tard.

Former les équipes projet à l’impact des achats sur la rentabilité

• Aujourd’hui encore, beaucoup de chefs de projet n’ont aucune visibilité sur les coûts d’achat liés à leur mission.

En résumé

La réforme de la facturation électronique ne se limite pas à émettre des factures clients en XML.
Pour les bureaux d’études, l’impact se fera surtout sentir sur la gestion des factures fournisseurs : sous-traitants, prestataires, frais de mission…

Ne pas anticiper cette partie peut coûter cher, en temps, en conformité, et en pilotage projet.

Commencer à structurer la réception des factures d’achat dès aujourd’hui, c’est se donner une vraie avance opérationnelle et fiscale, sans tout changer du jour au lendemain.

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